A Kis-Balaton mérsékli a Balatonba jutó mikroszennyezők mennyiségét, így kulcsfontosságú szerepe van a tó víztisztaságában
A mikroszennyezők közt az elemzések összesen 41 különböző gyógyszerhatóanyag jelenlétét mutatták ki a Kis-Balaton vízvédelmi rendszerében. Ezeknek a gyógyszerhatóanyagoknak több mint fele a Balatonba jutó vízben már nem észlelhető.